Wie auch immer, das hoch-funktionale Gebäude hatte Sanierungsbedarf. Im Besonderen in Bezug auf die Haustechnik. Dieser wurde in der Kölner Öffentlichkeit, aber auch im Rat und in der Verwaltung der Stadt Köln seit etwa 2000 verstärkt diskutiert.
Thematisiert wurden dabei alle Varianten einer Sanierung des Ensembles (wofür die Denkmalpflege plädierte) oder einzelner seiner Teile, ebenso wie eine Verlegung der Bühnen an einen anderen Standort in der Stadt, was den Komplett- oder Teilabriss des Ensembles zur Folge gehabt hätte. 2003 legte die Verwaltung eine Machbarkeitsstudie vor, die eine bauliche Sanierung sowie eine funktionale Ertüchtigung des Baukomplexes mit überschaubaren Kosten nachwies.
2006 fasst der Rat der Stadt Köln den Beschluss zu einer Neugestaltung des Riphahn-Ensemble am Offenbachplatz: Opernhaus, Opernterrassen, Schauspielhaus. Die Oper soll saniert, das Schauspielhaus abgerissen und neu erbaut werden. Dafür wird 2008 ein Budget von 230 Mio € festgelegt. Der Neubau sollte ein "moderner" Kubusbau mit Stahl-Glas-Fassade werden. Nachdem jedoch die Kosten der Maßnahme in der Planung auf 355 Mio € angestiegen sind,erlässt der Kölner Oberbürgermeister Fritz Schramma (CDU) vor der Kommunalwahl 2009 einen Planungsstopp.
Sein Nachfolger Jürgen Roters (SPD) favorisiert eine abgespeckte Variante des Siegerentwurfs. Die Kosten dafür werden auf 295 Mio € begrenzt. Dagegen protestieren Künstler, die diese Summe zu hoch finden und den Erhalt des Schauspielhauses fordern. Ihnen schließen sich 50.000 Kölner per Unterschrift an. Darauf reagieren CDU, Grüne, FDP und Die Linke geschmeidig. Die Stadt lässt die Möglichkeit einer Sanierung prüfen und 2011 ergeht der Ratsbeschluss: Kein Abriss und Neubau, sondern Sanierung des gesamten Komplexes. Die Kosten dafür werden auf 253 Mio € festgesetzt. Die Entscheidung den Komplex von Wilhelm Riphahn zu erhalten wird in weiten Teilen der Öffentlichkeit anerkannt.

2012 findet die vorerst letzte Vorstellung am Offenbachplatz statt. Danach ziehen die Bühnen in mehrere Ausweichquartiere. 2014 wird eine 10 %ige Budgetüberschreitung für die Sanierung publik. Gleichzeitig geben die Bühnen bekannt, dass das sanierte Opernhaus im November 2015 eröffnen soll. Im April 2014 tauschen die städtischen Bühnen den externen Projektsteuerer Deerns aus. Im Juli 2015 gibt die Stadt Köln bekannt, dass der geplante Eröffnungstermin nicht gehalten werden kann.
2016 erhöht der Rat der Stadt Köln das Budget sukzessive auf 337 Mio €, dann auf 404 Mio € und beauftragt zur Aufklärung von Kostenexplosion und Terminverzug ein externes Gutachten.
Lessons Learned
Die termintreue Fertigstellung der Sanierung wurde durch eine Vielzahl von Kollisionen in den haustechnischen Anlagen verhindert, die erst in den letzten Monaten vor dem Termin erkannt wurden. Ursächlich waren Defizite in der Planung. Es gab offenen Planungsthemen, die zu Störungen und und die Fertigstellung anderer Gewerke behindert. Die Defizite der Ausführungsplanung wurden in die Werkstatt- und Montageplanung der ausführenden Unternehmen der Gewerke der Technischen Ausrüstung übertragen, was Schnittstellenkollisionen zur Folge hatte. Die Zahl der im Projekt eingesetzten Bauleiter war zu gering, so dass die bestehenden Planungsdefizite auch nicht im Zuge der Bauausführung behoben werden konnten.
Da das mit dem Projekt verbundene Interim eine außerordentliche Belastung des darstellt und der Opern- und Theaterbetrieb eine langfristige Dispositionen erfordert, hatten eine kurze Projektlaufzeit die Einhaltung des Wiedereröffnungstermins für den Bauherr oberste Priorität: Der Terminplan war sehr eng gesteckt worden. Die Gebäude waren wegen des laufenden Spielbetriebs erst spät für Planung zugänglich. Gleichzeitig stand das Budget der Sanierung zu jeder Zeit unter starkem politischen Druck, in dessen Folge die von Planungsbüros angebotenen Honorare die Kosten der Planer für den tatsächlich erforderlichen Personaleinsatz nicht abdeckten. Die Planungsdefizite waren eine Folge der nicht kostendeckenden, von den Planern aber selbst so angebotenen Honorierung. Gleichzeitig liegt auf der Hand, das Mängel in der Qualitätssicherung vor Ort, durch die Bauleitung und das objektüberwachende Architekturbüro vorlagen.
Kosten
Bei der ursprünglichen Kalkulation wurde die allgemeine Baukostensteigerung nicht berücksichtigt. Verwaltung und externe Projektbeteiligte gingen davon aus, dass dies nicht notwendig sei, weil die Baukosten über Jahre hinweg stabil waren. Niemand rechnete damit, dass die allgemeine Bautätigkeit durch das niedrige Zinsniveau und dadurch auch deren Kosten, so stark ansteigen würden, wie dies der dann der Fall war.
Prognose
Die Stadt Köln reagiert mit einer Neustrukturierung des Projektes, die Bauherrschaft und Projektleitung vereinigt. Die Bühnen übernehmen damit als Bauherr auch die Aufgaben der Projektleitung, die bis dahin bei der Gebäudewirtschaft lagen. Der ehemalige Baudezernent der Stadt Köln Bernd Streitberger leitet das Sanierungsprojekt für die Bühnen als neuer Technischer Betriebsleiter. Er zieht eine Zwischenbilanz und erarbeitet mit einer Prognose zur Weiterentwicklung der Sanierung. Die vorhandenen Probleme sind technisch lösbar, allerdings ist dazu eine komplette Neuplanung der Haustechnik Voraussetzung. Die Bühnen rechnen mit einer Schlüsselübergabe im 4. Quartal 2022 und einem dadurch notwendigen Budget in Höhe von 545 – 570 Mio €. Hinzu kommen zusätzliche Mietkosten für die Ausweichspielstätten in Höhe von 110 Mio €. Insgesamt wird die Stadt für die Sanierung von Oper und Schauspielhaus bis zu 680 Mio € aufwenden müssen